История станицы Марьянской начинается с мая 1793 года, когда по приказу кошевого Атамана Черноморского казачьего войска Чепеги по правому берегу Кубани от Воронежского редута было расставлено 20 пограничных кордонов и среди них Марьянский. На каждом из них определили иметь «по 100 казаков при исправленных чиновниках». 13 октября 1823 года считается «днем поселения станицы», так как именно в этот день была освещена построенная поселенцами часовня Марьянского куреня. По положению 1842 года все поселения на всех казачьих землях стали называться станицами.

В 1866 году в станице бала открыта начальная школа с трехлетним обучением. Позже ее преобразовали в одноклассное училище четырехлетним сроком обучения, а в 1892 году это училище стало классным с пятилетним сроком обучения (первые три года – начальные, а последние два – первые и вторые классы гимназии).

В 1896 году по инициативе атамана Строгого А.З.,помимо существовавшего мужского училища, была открыта начальная женская школа. Здание начальной женской школы сохранилось до наших дней. Сегодня в нем располагается станичная администрация. В течение всего XIX века казаки станицы Марьянской принимали активное участие в боевых операциях Кубанского казачьего войска как против местных черкесов и шапсугов, так и в русско-турецких войнах, в том числе в боях на Шипке 1878 года.

В период с 1918-1920 год форма власти в станице неоднократно менялась от «признания власти народных Комиссаров, как единственных представителей воли народной» до установления атаманской власти, причем последний комиссар станицы Степан Семенович Маршин 5 (18) августа 1918 года, как ни парадоксально, был избран ее атаманом

С окончательным установлением Советской власти в 1920 году в станице организована больница на 25 кроватей, отдел станичной милиции, детский приют, отдел народного образования.

В 1975 г. - Марьянский сельский совет вошёл в состав Красноармейского района .

1.01.2006 г. Марьянское сельское поселение Красноармейского района наделено законом Краснодарского края от 5 мая 2004 года №702-КЗ «Об установлении границ муниципального образования Красноармейский район, наделении его статусом муниципального района, образовании в его составе муниципальных образований- сельских поселений – и установлении их границ» статусом сельского поселения, входящее в состав территории Красноармейского района.